Nauja organizacijos strategija, atsakomybių bei įgaliojimų struktūra bei komandinis darbas reikalauja iš naujo įvertinti organizacijos paskatų bei atlygio sistemą, kuri turi būti nuosekli bei suderinta su naujai užsibrėžtų tikslų įgyvendinimu. Todėl šiame etape, įsivertinus visus aukščiau išvardintus aspektus bei individualius personalo motyvacinius faktorius, sukuriama nauja Motyvacinė sistema, skatinanti visą organizaciją bei jos individualius narius efektyviau siekti užsibrėžtų tikslų.